光学显微镜与电子显微镜有很大的不同，光源、透镜、成像原理、分辨率、景深和样品制备方法。

光学显微镜，通常被称为光学显微镜，是一种以可见光为光源的显微镜。光学显微镜是一种利用光学原理放大人眼无法区分的小物体的光学仪器，为人们提取微结构信息。广泛应用于细胞生物学中。

光学显微镜一般由载物台、聚光照明系统、物镜，目镜和调焦机构组成。载物台用于承放被观察的物体。利用调焦旋钮可以驱动调焦机构，使载物台粗调或者微调运动，便于被观察物体成像清晰。光学显微镜所成的像为倒像（上下倒立、左右互换）

电子显微镜是高端技术产品的诞生物。它与我们通常使用的光学显微镜相似，但与光学显微镜大不相同。首先，光学显微镜使用光源。电子显微镜使用电子束，两者之间的结果是不同的。例如，当观察细胞时，光学显微镜只能看到细胞和一些细胞器，如线粒体和叶绿体，但只能看到细胞的存在和细胞器的具体结构。电子显微镜可以更详细地看到细胞器的精细结构，甚至蛋白质等大分子。

电子显微镜包括透射电子显微镜、扫描电子显微镜、反射电子显微镜和发射电子显微镜。其中，扫描电子显微镜被广泛使用。扫描电子显微镜广泛应用于材料分析和研究，主要用于材料断口分析、微区成分分析、各种涂层表面形状分析、层厚测量、显微组织形状和纳米材料分析X 射线衍射仪或电子能谱仪结合形成物质成分分析的电子微探针。

扫描电镜（Scanning Electron Microscope）简写为 SEC,它是一种新型的电子光学仪器。它由真空系统、电子束系统和成像系统系统和成像系统。它利用细聚焦电子束在样品表面扫描时激发的各种物理信号来调制成像。

子激发了样品表面的二次电子。显微镜观察每个点散射的电子，样品旁边的闪烁晶体接收二次电子，通过放大显像管的电子束强度来改变显像管屏幕上的亮度。显像管的偏转线圈与样品表面的电子束同步扫描，使显像管的荧光屏显示样品表面的形状图像。

具有制样简单、放大倍数可调、范围宽、图像分辨率高、景深大等特点。透射电子显微镜应用性能：1。晶体缺陷分析。所有损坏正常点阵周期

结构统称为晶体缺陷，如空位、位错、晶界、沉淀物等。这些破坏点阵周期性结构会导致其区域的衍射条件发生变化，使缺陷区域的衍射条件不同于正常区域的衍射条件，从而在荧光屏上显示出相应的亮度和暗度差异。2.组织分析。除了各种缺陷外，还可以产生不同的衍射图案，可以在观察组织形态的同时分析晶体的结构和取向。3.原位观察。使用相应的样品平台，可以在透射电镜中进行原位实验。例如，使用应变拉伸样品观察其变形和断裂过程。4.高分辨率显微技术。提高分辨率，使物质的微观结构能够更深入地观察，一直是人们不断追求的目标。高分辨率电子显微镜利用电子束相位的变化，由两束以上的电子束相连成像。在电子显微镜分辨率足够高的情况下，使用的电子束越多，图像的分辨率越高，甚至可以用于薄样品原子结构成像。