正置荧光显微镜利用紫外线作为光源照射物体发出荧光，然后在显微镜下观察物体的形状和位置。用于研究细胞内物质、的吸收以及、化学物质的分布和定位。细胞中的一些物质，如叶绿素，经紫外线照射后会发出荧光；其他物质本身不能发荧光，但用荧光染料或荧光抗体染色，经紫外线照射后可以发荧光。荧光显微镜是这些物质定性和定量研究的工具之一。

彩色滤光片系统是荧光显微镜的重要组成部分，由激发滤光片和压制滤光片组成。滤板的型号和每个显微镜厂家的名称往往不一样。滤板通常以基本色调命名，前字母代表色调，后字母代表玻璃，数字代表型号特征。比如德国产品(Schott)BG12是一种蓝色玻璃，B是蓝色的**个字母，G是玻璃的**个字母；中国的产品名称已经统一用拼音字母表示。比如相当于BG12的蓝色滤板命名为QB24，Q是青色(蓝色)拼音的**个字母，B是玻璃拼音的**个字母。但是有些滤板也可以用透射边界滤光片长度来命名，比如K530，就是530nm以下的光被抑制，530nm以上的光被透射。其他显微镜厂家的滤板完全是用数字命名的，比如美国康宁工厂的NO:5-58，相当于BG12。

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